5 августа 1859 г. Н. Н. Муравьев прибыл в Эдоский залив с эскадрой из девяти судов, а 10 августа состоялся торжественный въезд русского посольства в Эдо.
Переговоры начались 12 августа. Н. Н. Муравьев заявил японским уполномоченным - Эндо Тадзима-но-ками и Сакаи Укэноскэ,- что император поручил ему вести дружественные переговоры с японским правительством о проведении границы по проливу Лаперуза. Он доказывал, что Сахалин с давних пор принадлежит России и имеет большое значение для обороны ее дальневосточных владений, особенно Приамурья. Он сообщил также, что Россия намерена восстановить пост в Анива, который был ею временно снят в 1854 г. во избежание ведения военных действий с англо-французскими военно-морскими силами. Проект соглашения, предложенный Н. Н. Муравьевым, устанавливал границу по проливу Лаперуза, причем рыболовные промыслы Японии оставались в ее владении и гарантировались русскими законами (см. [32, д. 3, л. 31-32, 38-42]).
В переговоры вмешалась английская и французская дипломатия. Английский посланник Р. Олькок и французский поверенный в делах Ш. де Белькур заверяли японское правительство в своей поддержке. Переговоры зашли в тупик, поскольку японцы вернулись к своим прежним требованиям о разделе Сахалина по 50° с. ш. Н. Н. Муравьев, хотя и имел в своем распоряжении девять кораблей, не стал прибегать к угрозам, а заявил уполномоченным, что прекращение переговоров не означает перерыва дружественных отношений между Японией и Россией.
23 августа он нанес прощальный визит членам Верховного совета. Во время беседы он подчеркнул, что японское правительство должно оценить миролюбивый характер русской политики в отношении Японии. Члены Верховного совета, как докладывал Н. Н. Муравьев Александру II, заверили его, что весьма дорожат дружбой с Россией [32, д. 3, л. 31-34]. Н. Н. Муравьев посоветовал бакуфу избегать конфликтов с иностранцами. Сам он продемонстрировал это весьма убедительно. В самом начале переговоров (13 августа) в Иокогама три члена команды одного из русских кораблей, отправившиеся за провиантом, подверглись нападению, причем двое из них были убиты, а третий ранен. Английский посланник Р. Олькок и французский поверенный в делах Ш. де Белькур провокационно предложили Н. Н. Муравьеву "проучить японцев" вооруженным выступлением, чтобы пресечь повторение террористических актов против иностранцев. Одновременно, стремясь раздуть инцидент, они распространили слухи о том, что убийство русских матросов отражает недовольство японского населения прибытием русской эскадры в Эдо и требованиями признать права России на южную часть Сахалина. В то же время Р. Олькок старался убедить японских государственных деятелей в том, что политика России "везде агрессивна" и, напротив, политика Англии направлена лишь на защиту торговых интересов (см. [166а, с. 5-8]).
Н. Н. Муравьев правильно разобрался в ситуации и ограничился требованием, чтобы японское правительство извинилось за инцидент, уволило иокогамских губернаторов, не обеспечивших безопасность русского персонала, разыскало и строго наказало преступников. В этом инциденте Н. Н. Муравьев проявил необходимую выдержку и хладнокровие и не захотел использовать вооруженный нажим даже для того, чтобы добиться заключения договора об утверждении прав России на южную часть Сахалина. Н. Н. Муравьев строго придерживался правительственных указаний - действовать только мирными средствами во избежание ухудшения отношений с Японией и вмешательства других держав. Сообразуясь с международной обстановкой и долговременными политическими целями России на Дальнем Востоке, он не поддался соблазну силой навязать японцам договор, который объективно соответствовал историческим правам русского государства на Сахалин.
Выдержка, политическая дальновидность и такт русского дипломата, к сожалению, не были оценены японскими и западноевропейскими буржуазными учеными. Его законное требование в отношении южной части Сахалина они объявили "неслыханной наглостью" (см. [306, т. 1, с. 91; 338, т. 44, с. 259-267; 383, с. 27-28]).
Неудачный исход миссии Н. Н. Муравьева вызвал большие разочарования в Петербурге, но общий подход к политике в отношении Японии не изменился. По-прежнему превалировало мнение, что Россия должна утвердить свои права на южную часть Сахалина мирными средствами. После подписания Пекинского договора в 1860 г., по которому Россия добилась восстановления своих прав на Уссурийский край, стратегическое и экономическое значение Сахалина еще более возросло. Были усилены посты в Дуэ и Кусунае, приняты меры к увеличению добычи угля, в котором особенно нуждались Тихоокеанская эскадра и Амурская флотилия. (Заинтересованы были в приобретении угля и иностранные пароходные компании.) В России вынашивались планы превратить Сахалин в центр угольной промышленности. Планировалось экспортировать уголь в целях развития торговли и мореплавания на Тихом океане. Как указывалось выше, угольные залежи были открыты еще в 1852 г. Но геологическая разведка, как правило, осуществлялась не специалистами горного дела, а морскими офицерами, служащими Российско-американской компании и т. п. В 1856 г. к изучению естественных ресурсов острова приступили члены Сибирской экспедиции Русского географического общества Ф. Шмидт, Л. Шренк, П. Глен и др. Наконец в 1858 г. на Сахалин прибыл горный инженер Носов. До 1862 г. угольные пласты были обнаружены в шести пунктах на западном побережье острова и в районе р. Тымь. Разработка велась только в Дуэ, Сертунае и Наяси. В качестве рабочей силы использовались солдаты. С 1859 г. на Сахалин стали отправлять ссыльных каторжан для работы в копях. С 1862 г. по распоряжению генерал-губернатора Восточной Сибири М. С. Корсакова угольные разработки производились исключительно силами каторжан. С увеличением численности рабочих добыча угля стала возрастать, особенно в Дуэйских рудниках (см. [119, № 7-8, с. 2-63, № 11, с. 131 - 141; 130а, с. 183-189]).
Ф. Шмидт и Л. Шренк, члены Сибирской экспедиции Русского географического общества, летом 1860 г. возобновили изучение природных ресурсов Сахалина. На этот раз в южной части острова. Японские чиновники с Эдзо, в нарушение соответствующих статей Симодского трактата, пытались помешать деятельности русских исследователей. Военный губернатор Приморской области Казакевич и русский консул в Хакодатэ обратили внимание властей Эдзо на нарушение русско-японского соглашения 1855 г. Свои действия губернатор Хоккайдо пытался оправдать тем, что в Японии поднялось движение за расторжение договоров с иностранными державами и он вынужден прибегать к таким мерам, чтобы удовлетворить оппозицию (см. [32, д. 1, л. 63-82]). Но дело заключалось не только в этом. Представители Англии, Франции и США настойчиво подстрекали японское правительство к захвату южной части Сахалина. Бакуфу попыталось добиться своих целей, привлекая к колонизации острова феодалов северных княжеств. Феодалам княжеств Акита, Сэндай и Айдзу оно с 1860 г. стало раздавать земельные участки на Эдзо и юге Сахалина, требуя от них заселения острова и посылки туда военных отрядов для противодействия освоению русскими южной части Сахалина. В начале 1862 г. американский коммерческий агент Райс обратился к губернатору Хакодатэ с письмом, в котором обвинял Россию в "агрессивных замыслах". В этом же письме он настаивал на предоставлении американцам в аренду сахалинских копей.
Интриги и незаконные домогательства западных дипломатов вынудили царскую дипломатию предпринять соответствующие демарши. Русский представитель в Вашингтоне Э. Стекль сделал запрос государственному секретарю США У. Г. Сюарду. Последний обещал дать указание своему посланнику в Эдо Р. Прайну, чтобы тот запретил коммерческим агентам действовать "противно видам своего правительства" (см. [32, д. 1, л. 57, 60-61]). Но в последующие годы Англия, Франция и США продолжали подстрекать японцев не признавать прав России на южную часть Сахалина. (Владение Сахалином укрепило бы стратегические позиции России на Тихом океане и упрочило оборону русских дальневосточных территорий.) Державы также надеялись получить права на беспошлинную торговлю с местным населением, чему мешало бы установление твердого контроля над территорией со стороны русских властей.