В первые десятилетия XVII в. в связи с прекращением междоусобных войн обрабатываемая площадь в стране и сборы урожая значительно увеличились. Размеры нэнгу (натуральная рента), которые при Хидэёси составляли 2/3 урожая, при Токугава (XVII в.) были значительно снижены - до 40% ("четыре доли князю и шесть долей крестьянину"). Оброчная система при незначительной величине барщины позволяла крестьянской семье не только обеспечить пропитание, но даже иметь некоторый излишек сверх необходимого минимума. Распространяются новые сельскохозяйственные культуры, а также увеличивается посевная площадь культур, имевших раньше ограниченное употребление: сладкий картофель, хлопок, табак, чай, тутовое дерево, сахарный тростник.
Феодальные власти старались насаждать в деревне широкий административно-политический контроль, позволяющий регламентировать все стороны жизни крестьянства. Регламентации запрещали крестьянам употреблять в пищу рис, расходовать его на лепешки (которые считались растратой риса) и сакэ (в непраздничные дни еду готовили из муги: овес, ячмень, просо), носить одежду из шелка (предписывалось использовать хлопковые и льняные ткани). Покрой и окраска одежды тоже были точно определены. Строго запрещалось превышение установленного размера жилищ и их украшение, запрещались также такие развлечения, как театральные зрелища, пышные церемонии. Свадьба, похороны и другие события должны были обставляться с "достойной скромностью".
Важным элементом системы управления деревней в токугавский период была круговая порука, внедряемая правительственными органами повсеместно. Для удобства надзора, сбора налогов и контроля за выполнением правительственных распоряжений деревня была разбита на пятидворки. Пятидворка несла ответственность за деятельность всех ее членов, во главе ее стоял староста, обычно назначавшийся властями из зажиточных крестьян. В экстремальных случаях, например при побеге крестьянина, староста раскладывал налоги бежавшего на остальных членов пятидворки.
Известно высказывание Токугава Иэясу, характеризующее существо правительственной политики в деревне: "Крестьянин, что кунжутное семя; чем больше жмешь, тем больше выжмешь".
Сёгуны Токугава, создавшие суровый полицейский режим в стране, не смогли, однако предотвратить возникновение и развитие антифеодального протеста. За время токугавского правления официальная статистика зафиксировала 2726 крестьянских выступления в разных районах страны. Это были вооруженные восстания и петиционные движения. Для начального периода токугавского правления наиболее распространенной формой сопротивления были коллективные выступления крестьян против тяжелейших поборов и повинностей. Обычно они передавали феодалу петиции, челобитные, составленные в форме почтительных просьб.
Петиционная форма движения свидетельствовала о низкой форме сознательности крестьянства, о наивной вере в то, что в эксплуатации повинны лишь те лица, с которыми они непосредственно сталкиваются, а вышестоящие власти об этом не знают. Но даже подачу петиции указы сёгуната квалифицировали как тягчайшее преступление, так же как и "незаконные сборища" крестьян или бегство "с земли".
Обращение к представителям вышестоящих инстанций сёгунской или княжеской власти каралось смертью. Особенно жестоко феодальные власти расправлялись с руководителями восстания - распятие и расправа с семьей на глазах приговоренного к смерти были самой распространенной казнью.
Широкую известность в 50-х годах XVIII в. получило крестьянское движение, возглавленное народным героем (гимин) Сакура Согоро. Измученные непомерными поборами крестьяне составили петицию, которую сумел передать сёгуну деревенский староста Сакура Согоро. За это у него на глазах казнили четверых его детей, а сам он был распят.
Поскольку крестьяне испытывали двойной гнет - со стороны феодалов (даймё) и представителей торгово-ростовщического капитала, они нередко выступали и против купцов. Купцы-откупщики, получая право от феодала на сбор налогов, не только беспощадно грабили деревенских бедняков, но и всячески препятствовали торговле богатых крестьян, которая ущемляла их собственную торговую монополию. Поэтому нередко богатые крестьяне возглавляли подобные выступления. Среди требований встречались такие, как "свобода торговли", а также протесты против принудительного возделывания сельскохозяйственных культур, на котором настаивали откупщики. В исторических материалах о крестьянских восстаниях, наиболее крупные из которых приходятся на XVIII век, имеются упоминания об убийстве агентов торговых монополий и разрушении купеческих контор и складов.