Накануне и в период войны Япония прикрывала свои захватнические планы и заявляла, что ведет справедливую войну за независимость и суверенитет Китая и Кореи от агрессии России. Действительные требования японской стороны не имели ничего общего с этой демагогией. Стремясь разоблачить перед лицом общественного мнения действительный характер позиции Японии, С. Ю. Витте, в свою очередь, стал выдавать себя за ревнителя и защитника суверенитета Китая. В его выступлениях на конференции и в письменных ответах по поводу японских предложений, касавшихся Китая, постоянно фигурировали слова: "верховные права Китая", "уважение суверенитета Китая". Безусловно, их надо рассматривать лишь как дипломатический прием, который С. Ю. Витте противопоставил японской пропаганде в целях воздействия на мировое общественное мнение.
Японское требование об уступке Японии прав на аренду Ляодунского полуострова русская делегация в целом принимала. Однако в ее ответе оговаривалось, что "ввиду суверенных прав Китая на упомянутые территории, Россия не может уступить своих прав Японии без предварительного соглашения с Китаем... Права частных лиц в пределах всей местности, на которую распространяется арендный договор, заключенный между Россией и Китаем, должны остаться неприкосновенными" [65, с. 36-37].
После долгих споров была одобрена русская редакция текста статьи, предусматривавшая необходимость получения согласия Китая на передачу Японии Ляодуна, а также русская поправка о том, что "права собственности русских подданных на вышеупомянутой территории будут вполне уважены..." [65, с. 36- 37].
В целом русская делегация не возражала и против передачи Японии Южно-Маньчжурской железной дороги, но только той ее части, которая находилась в руках Японии, о чем говорилось выше; она также настаивала на получении на это согласия Китая [65, с. 14-15].
В результате долгих и острых прений было решено, что Россия уступает Японии часть ветки до станции Куаньченцзы (Чанчунь) с согласия китайского правительства [65, с. 47-48].
После долгих и упорных споров (Япония добивалась для себя исключительных прав) была согласована ст. 6: "Россия и Япония обязуются эксплуатировать принадлежащие им в Маньчжурии железные дороги исключительно в целях коммерческих и промышленных, но никак не в целях стратегических" [65, с. 48]. Это положение не касалось железной дороги, проходящей по Ляодуну.
В ходе обсуждения условий мира представители Японии вынуждены были раскрыть свои подлинные цели в отношении Кореи и Маньчжурии, что вызвало отрицательные отклики в американской и особенно в европейской печати. Чтобы привлечь на свою сторону американские деловые круги, японское правительство начало усиленно подчеркивать, что оно якобы готово на любую форму сотрудничества с США на Дальнем Востоке. С заявлениями о возможности сотрудничества неоднократно выступали японские представители в США - Сибудзава Киёси, Канэко и другие видные японские политические деятели (см. [365, с. 325, 353]).
Обещания Японии в период конференции создавали известные иллюзии среди американских дельцов и политиков, и они старались оказать поддержку японским притязаниям в надежде на будущие прибыли. Е. X. Гарриман, тесно связанный с компанией "Кун, Леб энд К°", помогал японскому правительству в размещении военных займов в США. Вступив в переговоры с японским правительством, он рассчитывал использовать новые японские приобретения для осуществления американских планов использования транссибирской магистрали и пароходных линий в Тихом и Атлантическом океанах для создания сквозной трассы, которая соединила бы Азию и Европу (см. [381, т. 2, с. 13, 17-18]).
16 августа 1905 г., в самый разгар конференции в Портсмуте, Е. X. Гарриман выехал в Японию. Предварительное соглашение между японским правительством и Е. X. Гарриманом было подписано 12 октября 1905 г. Оно предусматривало создание японо-американского синдиката для покупки ЮМЖД и всех примыкающих к ней предприятий, которые перейдут к Японии по условиям Портсмутского договора. Однако японское правительство вскоре отказалось от соглашения. Когда русско-японский договор был подписан и ратифицирован, уже не было необходимости заигрывать с США. Отдавать богатейшую добычу американскому капиталу японские империалисты не захотели.