Угроза монгольского нашествия, возникшая во второй половине XIII в., обострила внутриполитическое положение.
В 1266 г. Хубилай хан прислал послов с требованием признания его власти над Японией. Это наглое требование было оставлено без ответа, а на последующие аналогичные притязания японцы ответили отказом.
В ноябре 1274 г. к западным берегам Японии подошел монгольский флот, захвативший о-ва Цусима и Ики, затем началась высадка войск на северо-западе о-ва Кюсю в провинции Тикудзэн (совр. префектура Фукуока). Самурайские подразделения вели ожесточенные сражения, однако они не были подготовлены к отражению натиска столь сильного противника. Нагрянувший тайфун уничтожил более 200 вражеских кораблей и сорвал монгольское вторжение.
В июне - августе 1281 г. предпринимается новый поход к берегам Японии: две армады общей численностью в 3500 судов и лодок подошли к японским берегам - одна с Корейского полуострова, а другая из Китая. К этому времени побережье было уже укреплено, подготовлены и боевые суда, но налетевший тайфун разметал неприятельский флот, а оставшиеся корабли были потоплены японцами. С тех пор тайфун стал именоваться "Божественным ветром" (камикадзэ) - термин, которым в годы второй мировой войны именовали смертников, посылавшихся на бомбежку или потопление кораблей противника.
В борьбе с монголами японские самурайские дружины встретились с новой тактикой - взаимодействием разных подразделений, с маневрами обхода и окружения, действиями с флангов, с огнестрельным оружием, уничтожившим большую часть береговых укреплений. Это способствовало выработке новой военной организации, тактики маневренного боя, а также облегчению военного снаряжения и впоследствии было использовано феодалами в их непрекращавшихся междоусобных войнах.
От угрозы монгольского вторжения выиграли юго-западные феодалы, которые за счет казны укрепили собственные владения, а также торгово-ростовщический капитал, финансировавший военные приготовления. Однако социально-экономическим последствием монгольского нашествия явилось общее ухудшение положения самурайства в результате мобилизации, что вызвало массовую продажу, заклад земли. Ослабление вассалов сёгуна отразилось на положении сёгунского правительства, утратившего свои прежние позиции. Это привело к обострению борьбы внутри самурайского сословия. Правление Ходзё приняло деспотический характер. Деспотизм Ходзё, усилившийся в 80-е годы XIII в., проявился в захвате домом Ходзё основных должностей в правительстве, в обсуждении главных вопросов правления на узких собраниях- сходках членов их семьи. Ходзё стремился предотвратить упадок самурайского сословия, его закабаление торгово-ростовщическим капиталом. С этой целью первым, но отнюдь не последним законом, имевшим целью сохранение земельного фонда самурайства, явился указ 1297 г. (Токусэйрё), аннулировавший сделки вассалов сёгуна по продаже, закладу земли, самурайскую задолженность ростовщикам. Однако это законодательство было не в состоянии существенно ослабить позиции тоpгoво-ростовщического капитала в условиях развития товарно-денежных отношений.
Камакурский сёгунат препятствовал деятельности феодалов, связанных с рынком, ремесленно-торгового люда и зажиточного крестьянства, и поэтому все они стали бороться с этим режимом. Противники сёгуната из самурайского сословия именовались в официальных документах "плохими отрядами" (акуто). В действительности это были прогрессивные силы. Их возникновение было особенно характерно для периода обострения социальных противоречий в конце XIII-XIV вв.
Антисёгунские силы на о-ве Кюсю стремились сбросить усилившееся после монгольского нашествия ненавистное иго дома Ходзё.
В Центральной Японии, в районе Кинай и его окрестностях, оппозиция выступала прежде всего против владельцев сёэнов, поскольку состояла из местных феодалов, которые являлись административными лицами в сёэнах и стремились использовать свое должностное положение для присвоения урожая и захвата земель у сёэнских феодалов. К ним примыкали также и монахи буддийских храмов. Они как феодальные собственники тяготились сёгунскими администраторами в своих владениях и выступали за их упразднение.
Крестьяне боролись против сёгуната как в самурайских дружинах, так и самостоятельно, отстаивая свои интересы коллективными усилиями в военных отрядах сельских общин. Крестьяне вели борьбу против беззаконий сёэнской и центральной администрации, против барщины, отработочной ренты.
Разнородность оппозиционных сил обусловила необходимость их консолидации. В то время она могла быть осуществлена лишь на религиозной основе, с помощью авторитета императора. Используя свое религиозное влияние, император Годайго (представитель Южного двора), наследовавший в 1318 г. трон, готовил заговор с целью возвращения императорскому дому политической власти. Опираясь на самураев центрального района и на некоторых сёгунских вассалов восточных провинций, на военную силу ряда буддийских монастырей, Годайго в 1324 г. стал стягивать к Киото своих сторонников, но заговор был раскрыт, руководители самурайских групп покончили самоубийством.
В марте 1332 г. за новую попытку захвата власти Годайго был низложен и сослан на о-в Оки, откуда в феврале следующего года бежал и открыто примкнул к антикамакурским силам.
Влиятельный юго-западный феодал Асикага Такаудзи в начале мая 1333 г. захватил Киото, а в это время восточный феодал Нитта Ёсисада вторгся в Камакура и поголовно истребил всех Ходзё.
Объединенная армия феодалов о-ва Кюсю свергла сёгунского инспектора местного военного управления, и почти одновременно была отстранена от власти сёгунская администрация в остальных провинциях.
Камакурский сёгунат был низложен. Теперь началась борьба среди победителей: Асикага и Нитта. Они представляли два типа хозяйственных районов: передовой западный и отсталый восточный. Если на западе преобладали заливные рисовые поля, имелись хорошие водные транспортные артерии, развитое ремесло и процветающая торговля, то на востоке царило запустение, многие земли были заброшены или вообще не возделы- вались, транспортная система находилась в плачевном состоянии, отсутствовали условия для широкого развития ремесла и торговли. Экономически победа Асикага была предрешена.