Эдзо под непосредственным подчинением правительства бакуфу
После первого посещения Путятиным Японии токугавское правительство бакуфу в начале 1854 г. направило на Сахалин в инспекционную поездку Хори Тосихиро и Мурагаки Норимаса. В результате этой инспекционной поездки летом того же года район Хакодате, а в феврале следующего года весь Эдзо был изъят из подчинения княжества Мацумаэ и перешел в непосредственное подчинение правительства бакуфу. Ответственность за оборону северных районов была возложена на княжество Сендай, Аидзу, Намбу, Цугару. Ответственность за управление теперь несли губернаторы Такэноути Ясунори, Хори и Мурагаки.
В глубинные районы Сахалина был направлен экспедиционный отряд. Хори и Мурагаки высказали мнение о необходимости колонизации Эдзо, находящегося вблизи от Хондо, и постепенного продвижения японцев на оевер. Всем даймё, которые имели доход свыше 3 тыс. коку риса, был дан указ о вербовке переселенцев. Был снят запрет на переселение женщин и детей. Для освоения новых участков лова рыбы было решено предоставлять субсидии.
Большой интерес к северной проблеме в тот период проявлял Токугава Нариаки из княжества Мито. Он высказывал мнение о разработке природных ресурсов Эдзо, заявляя, что, "если освоить север, то это даст прибавку в урожае в несколько миллионов коку риса". В соответствии с мнением Хори и Мурагаки Токугава настаивал на немедленном размещении военных гарнизонов на японо-русской государственной границе. Но правительство бакуфу решило первоначально непосредственно подчинить всю территорию Эдзо, а затем уже шаг за шагом осваивать эту территорию и совершенствовать оборону страны.
В этот же период русские непрерывным потоком стали прибывать на Сахалин с целью его освоения. Этому особенно способствовало окончание Крымской войны. Многие русские, высаживаясь на Южном Сахалине, строили бараки, на этих местах открывались каменноугольные шахты. Вопрос демаркации государственной границы стал теперь для правительства бакуфу самым неотложным делом.
Дополнение к договору о торговле и границах
В 1857 г. пошел третий год с момента заключения Симодекого договора. В сентябре того же года Путятин прибыл в Японию, чтобы прозондировать почву по вопросу заключения договора о торговле. Путятин заключил с японскими уполномоченными в Нагасаки "Дополнительный трактат" из 28 статей, представляющий собой правила торговли русских в открытых портах. Трактат 1857 г. считался дополнением к Симодскому договору. Благодаря этому документу были до известной степени ослаблены ограничения на торговлю. Правительство России понимало, что для отмены всех ограничений ничего не остается, кроме заключения нового договора о торговле.
Правительство бакуфу поддалось давлению со стороны американского консула Т. Гарриса и в июле 1858 г. заключило японо-американский договор о торговле (Ансэйский договор). Это был неравноправный договор, лишавший Японию таможенной автономии и признававший экстерриториальность находящихся в Японии американцев. Благодаря этому договору для захода американских судов были открыты новые порты - Канагава, Ниигата, Хёго, Нагасаки, Эдо, Осака.
Вскоре Путятин еще раз прибыл в Японию с тем, чтобы заключить новый русско-японский договор. В июле 1858 г. русско-японский торговый договор был подписан. В то время правительство бакуфу через губернатора Хакодате Хори предприняло попытку вступить с Путятиным в переговоры о линии государственной границы на Сахалине. Однако Путятин обещал лишь информировать об этом русское правительство.
Между прочим, хотя и был заключен торговый договор, торговля Японии с Россией в период Бакумацу (1854-1868) была ничтожно малой. В среднем доля России составила около 0,5% японского экспорта и немногим более 3% импорта.
Вскоре в Хакодате прибыл первый консул России, И. А. Гошкевич. Тогда Хори, получив разрешение правительства бакуфу, предпринял попытку вступить в Хакодате в переговоры по вопросу о государственной границе, но и на этот раз был получен отказ. Вскоре поступило известие о том, что в Эдо для переговоров прибудет генерал-губернатор Восточной Сибири Н. Н. Муравьев.
Муравьев направляется в Эдо
В тот период произошло важное событие в отношениях России с Китаем. По Айгунскому договору 1858 г. Китай отказался от владения территорией по левому берегу Амура в пользу России. Россия получила прямой путь на Сахалин по Амуру. Этот маршрут по сравнению с путем через Камчатку и Курильские острова был гораздо короче. Такой успех стал возможен благодаря политическим способностям генерал-губернатора Н. Н. Муравьева.
Теперь взор Муравьева был обращен к Японии. Он брался вести переговоры с японским правительством, чтобы отстоять права России на Южный Сахалин. Александр II предоставил ему на это полномочия. В августе 1859 г. Муравьев с эскадрой прибыл в Эдоский залив. Переговоры было решено проводить в храме Тэндокудзи на Сиба, в Эдо. Уполномоченными Японии были Эндо Тадзима-но-ками Цунэнори и Сакаи Укэноеукэ Тадамасу.
Муравьев заявил, что желание императора состоит в заключении с Японией договора, в целом аналогичного Айгунскому договору, и предложил проект соглашения, по которому государственная граница между обеими странами устанавливалась по проливу Лаперуза, так как Сахалин с давних пор принадлежит России. Рыболовные промыслы японцев вблизи Сахалина оставались в их частном владении под защитой русских законов. Японцы могли пользоваться свободой путешествия и передвижения в зоне государственной границы между Амуром и Маньчжурией.
Японский представитель, говоря об историческом праве Японии на Сахалин и ссылаясь на Симодский трактат, в котором специально отмечено совместное владение Японией и Россией Сахалином, отверг условия Муравьева и настаивал на том, чтобы произвести демаркацию границы на Сахалине по 50-й параллели или оставить Сахалин неразделенным, как есть, в соответствии с положениями Симодского трактата. В конечном счете переговоры зашли в тупик.
Во время этих переговоров в Иокогаме подверглись нападению русские моряки - мичман и два матроса,- отправившиеся в город за провизией.